Флаг авиации Федеральной пограничной службы Российской Федерации (ФПС России) утверждён приказом от 3 июля 1999 года №349.
Полотнище с четырёхконечным изумрудным крестом с расширяющимися концами и белой окантовкой.
Между концами креста — голубые углы.
В центре — эмблема ФПС России с перекрёстными серебряными пропеллером и мечом (эмблема авиации ФПС России).